三亚崖州湾科技城位于三亚市西部，毗邻南海观音和大小洞天风景区，总体规划范围 69.3平方公里（北至梅山、东至西线铁路、南至南山、西至崖州湾滨海）。崖州湾科技城主要由南繁科技城、深海科技城、科教城南山港和全球动植物种质资源中转基地(即 一港、三城、一基地 )五部分共同构成。
南繁科技城规划面积约4.02平方公里，是以南繁科技产业为核心，围绕动植物育种科技、国际种业交易、种质资源产权交易、种业知识产权交易、热带特色农科等方面，打造产业化、市场化、专业化、集约化的国家南繁科研基地与国家热带农业科学中心。
深海科技城规划面积约5.39平方公里，是以海洋科技产业为核心，重点聚焦深海科技、海洋产业和现代服务三大领域。在深海科技方面，主要发展深海装备、深海材料和深海通讯等；在海洋产业方面，主要发展海洋船舶、海工装备和海洋公共服务等；在现代服务方面，主要发展会展服务、金融服务和商务服务等，未来还将在深海养殖、人工鱼礁和海洋生态保护等领域进行积极探索。
科教城规划面积约4.54平方公里，以海洋、农业为重点方向，以 研究院 研究生院 为主要方式，引进高水平科研机构和高等院校，形成产学研一体化服务和创新创业与成果转化平台。
南山港是崖州湾科技城不可或缺的组成部分及深海科技城建设的重要前置条件，核心功能以海洋科考、海洋试验及临港产业为主。目前围绕中船重工、中船工业和中科院深海研究所等入驻单位需求，规划形成岸线总长（含现有岸线）7165延米，形成陆域面积（含现有陆域）2.76平方公里，完全建成后可同时满足近20艘各类科考、保障船停靠。
全球动植物种质资源引进中转基地规划面积约0.5平方公里。该基地将引入全球动物、植物、微生物种质资源，具备检验隔离、战略储备、产业应用、国际贸易交易等功能。
为贯彻落实习近平总书记 4·13 重要讲话、中央12号文件和省委七届四中全会精神，推动南繁科技城、深海科技城和全球动植物种质资源引进中转基地等自贸区先导性项目建设。省委、省政府高度重视科技城建设工作，成立了由常务副省长任组长的崖州湾科技城建设工作领导小组，省直相关单位为成员单位，自上而下全力保障崖州湾科技城各项工作加快推进。
三亚市按 法定机构 市场化运作 模式，组建了三亚崖州湾科技城管理局，与招商局集团和中化集团战略合作，分别组建深海科技城和南繁科技城平台公司，具体组织实施崖州湾科技城开发建设、运营管理、综合协调等工作。充分发挥政府和市场在资源配置中双重优势，推进科技城开发建设，实现合作共赢。
2019年2月13日，三亚市委、市政府印发《三亚崖州湾科技城管理局设立方案》，正式成立崖州湾科技城管理局，由三亚市委副书记、市长阿东兼任党委书记、局长。2019年4月30日，海南省人民政府办公厅印发《关于成立三亚崖州湾科技城工作领导小组的通知》（琼府办函〔2019〕126号）；5月11日，崖州湾科技城总体规划获省政府批复；7月5日，崖州湾科技城控规获市政府批复；7月19日，三亚市人大常委会审议通过《关于三亚崖州湾科技城开展法定机构试点工作的决定》，随后，法定机构立法被省人大列入2020年立法计划。
